Nummer

BIOINF4270
Titel

Computational Workflows for Biomedical Data
Lehrform(en)

Praktikum
ECTS 3
Arbeitsaufwand
- Kontaktzeit
- Selbststudium
Arbeitsaufwand:
90 h
Kontaktzeit:
30 h / 2 SWS
Selbststudium:
60 h
Veranstaltungsdauer 1 Semester
Häufigkeit des Angebots Unregelmäßig
Unterrichtssprache Englisch
Prüfungsform

Vorstellung und Verteidigung der Forschungsergebnisse schriftlich und mündlich.

Inhalt

In diesem Praktikum lernen Studierende komplexe biomedizinische Datenanalyse-Probleme in Workflows zu modellieren. Unter Zuhilfenahme abstrakter Workflow-Beschreibungen implementiere die Studierenden neue komputationale Workflows mittels der Workflow-Sprache "nextflow" implementiert. Zudem nutzen sie existierende Workflows und erarbeiten wissenschaftliche Lösungsansätze für konkrete Problemstellungen bei der Analyse biomedizinischer Daten.

Qualifikationsziele

Die Studierenden können nach dem Praktikum Problemstellungen der biomedizinischen Forschung abstrahieren und als Workflow modelieren. Sie werden befähigt einfache Workflows mit "nextflow" zu implementieren und eine Vielfalt von existierenden “best-practice” Workflows zu nutzen.

Vergabe von Leistungspunkten/Benotung
Lehrform
Status
SWS
LP
Prüfungsform
Prüfungsdauer
Benotung
Berechnung
Modulnote (%)
Praktikum
P
o
2
3.0
H, R
b
100
Teilnahmevoraussetzungen Es gibt keine besonderen Voraussetzungen.
Dozent/in Nahnsen
Literatur / Sonstiges

Ewels et al., Nature Biotechnology, 2020;
di Tommasso et al., Nature Biotechnology, 2017;

Weitere Literatur wird im Praktikum bekannt gegeben / Further literature will be announced in the course.

Zuletzt angeboten nicht bekannt
Geplant für Sommersemester 2024
Zugeordnete Studienbereiche BIO-PRAK